سامانه همایش های دانشگاه جیرفت

صفحه اصلی / سومین همایش بین المللی و چهارمین همایش ملی کشاورزی، محیط زیست و امنیت غذایی

اولین گزارش ویروس A گیلاس از ایران براساس داده‌های RNA Seq

نویسندگان :

پارسا گلابی¹ احمد حسینی² مینا راستگو³

1- دانشگاه ولی عصر (عج)رفسنجان 2- دانشگاه ولی عصر (عج)رفسنجان 3- دانشگاه ارومیه

کلمات کلیدی :

CVA،گیلاس،توالی یابی نسل جدید

چکیده :

ویروس A گیلاس (Cherry virus A, CVA) ( یا Capillovirus alphavii، یک Capillovirus از خانواده Betaflexiviridaeاست که به طور گسترده در مناطق کشت گیلاس در سراسر جهان پراکنده است. در ایران، استان آذربایجان غربی یکی از مهم‌ترین مراکز تولید تجاری گیلاس به شمار می‌رود. علائمی مشابه علائم ناشی از ویروس‌ها در درختان گیلاس در این منطقه از ایران مشاهده شد و از روش تعیین توالی نسل جدید برای شناسایی و تعیین خصوصیات عوامل بیماریزای ویروسی مرتبط استفاده گردید. RNA کل با استفاده ازCTAB استخراج و تعیین توالی نسل جدید (RNA-Seq) با استفاده از روش Illumina NovaSeq 6000 انجام شد. تجزیه و تحلیل کانتیگ‌های حاصل با استفاده از BLASTn ، وجود ویروس A گیلاس را آشکار ساخت. ژنوم کامل ویروس، ۹۹٪ شباهت نوکلئوتیدی با برخی از جدایه‌های کانادایی از گیلاس(MF062118، MF062119، KY510872 وKY510911 ) را نشان داد. ژنوم CVA-Ir شامل یک RNA تک‌رشته‌ای مثبت به طول ۷۴۳۴ جفت باز است که حاوی دو چارچوب خوانش باز (ORF) می‌باشد. ORF1 یک پلی‌پروتئین با پنج دامانه شناسایی‌شده و ORF2 یک پروتئین حرکتی (MP) احتمالی را رمزگذاری می‌کند. نواحی ترجمه‌نشده 5´-UTR و ' 3´-UTR به ترتیب ۱۰۶ و ۲۹۹ نوکلئوتید طول دارند. تجزیه و تحلیل تبارزایی بر اساس توالی‌های کامل ژنومی نشان داد که تمام جدایه‌های CVA در یک شاخه واحد گروه‌بندی می‌شوند، که CVA-Ir به همراه چهار جدایه کانادایی با منشاء گیلاس دریک زیرشاخه متمایز از جدایه های با میزبان غیرگیلاس که زیر شاخه دیگری را تشکیل می‌دهند جای می‌گیرد. بر اساس اطلاعات ما، این اولین گزارش از آلودگی گیلاس توسط CVA در ایران است.