0% Complete
صفحه اصلی
/
سومین همایش بین المللی و چهارمین همایش ملی کشاورزی، محیط زیست و امنیت غذایی
اولین گزارش ویروس A گیلاس از ایران براساس دادههای RNA Seq
نویسندگان :
پارسا گلابی
1
احمد حسینی
2
مینا راستگو
3
1- دانشگاه ولی عصر (عج)رفسنجان
2- دانشگاه ولی عصر (عج)رفسنجان
3- دانشگاه ارومیه
کلمات کلیدی :
CVA،گیلاس،توالی یابی نسل جدید
چکیده :
ویروس A گیلاس (Cherry virus A, CVA) ( یا Capillovirus alphavii، یک Capillovirus از خانواده Betaflexiviridaeاست که به طور گسترده در مناطق کشت گیلاس در سراسر جهان پراکنده است. در ایران، استان آذربایجان غربی یکی از مهمترین مراکز تولید تجاری گیلاس به شمار میرود. علائمی مشابه علائم ناشی از ویروسها در درختان گیلاس در این منطقه از ایران مشاهده شد و از روش تعیین توالی نسل جدید برای شناسایی و تعیین خصوصیات عوامل بیماریزای ویروسی مرتبط استفاده گردید. RNA کل با استفاده ازCTAB استخراج و تعیین توالی نسل جدید (RNA-Seq) با استفاده از روش Illumina NovaSeq 6000 انجام شد. تجزیه و تحلیل کانتیگهای حاصل با استفاده از BLASTn ، وجود ویروس A گیلاس را آشکار ساخت. ژنوم کامل ویروس، ۹۹٪ شباهت نوکلئوتیدی با برخی از جدایههای کانادایی از گیلاس(MF062118، MF062119، KY510872 وKY510911 ) را نشان داد. ژنوم CVA-Ir شامل یک RNA تکرشتهای مثبت به طول ۷۴۳۴ جفت باز است که حاوی دو چارچوب خوانش باز (ORF) میباشد. ORF1 یک پلیپروتئین با پنج دامانه شناساییشده و ORF2 یک پروتئین حرکتی (MP) احتمالی را رمزگذاری میکند. نواحی ترجمهنشده 5´-UTR و ' 3´-UTR به ترتیب ۱۰۶ و ۲۹۹ نوکلئوتید طول دارند. تجزیه و تحلیل تبارزایی بر اساس توالیهای کامل ژنومی نشان داد که تمام جدایههای CVA در یک شاخه واحد گروهبندی میشوند، که CVA-Ir به همراه چهار جدایه کانادایی با منشاء گیلاس دریک زیرشاخه متمایز از جدایه های با میزبان غیرگیلاس که زیر شاخه دیگری را تشکیل میدهند جای میگیرد. بر اساس اطلاعات ما، این اولین گزارش از آلودگی گیلاس توسط CVA در ایران است.
لیست مقالات
لیست مقالات بایگانی شده
مدیریت و توسعه رویشگاه گیاه دارویی باارزش Zataria multiflora Boiss. در جنوب استان کهگیلویه و بویراحمد
وحید کریمیان
مروری بر کاربرد الگوریتمهای یادگیری ماشین در ایمنی مواد غذایی
فاطمه زریسفی کرمانی
واکاوی هم بیانی شبکههای ژنی درگیر در پاسخ به تنش خشکی در Brassica rapa
شهلا اتابکی - هومن راضی - علی مقدم - مرضیه مُهری
بررسی تاثیر پلاسمای سرد به همراه اسانس میخک هندی بر افزایش مدت ماندگاری میوه گواوا تو سرخ
مهدی پورهاشمی - مهناز هاشمی روان - نازنین زند - علیرضا شهاب لواسانی
تولید ورمی¬کمپوست در راستای کارآفرینی دانش¬آموزی در شهرستان بهبهان
مرضیه جامعی - طاهره فسحت - رقیه معلقی - امین الله مظفری - سعیدرضا حسین زاده
مقایسه مصرف سوخت، انرژی و انتشار گازهای گلخانه¬ای در تولید برنج نشایی و خشکهکاری در شهرستان گرگان
علی راحمی کاریزکی - سید قاسم حسینی حیدرآبادی - مسعود تاجی
افزایش انعطافپذیری گیاه توت فرنگی در شرایط تنش شوری و قلیاییت با استفاده از طیفهای نوری تکمیلی: ارزیابی دستگاه فتوسنتزی
محمدرضا ملک زاده - حمیدرضا روستا
اثرات آب شور بر ویژگیهای میکرو و ماکرو تیبیا: ارزیابی منابع آلی سلنیوم در جوجههای گوشتی
محمد دیانی - شیرین هنربخش - علی کلانتری حصاری - سیدداود شریفی
فراوردههای گوشتی تخمیری عملگرا
مهلا الهی نیا
عصارههای دارویی کلزا، فرصتها و چالشها
فرزانه بوشاسب - زینب عباسی
بیشتر
ثمین همایش، سامانه مدیریت کنفرانس ها و جشنواره ها - نگارش 42.0.2