سامانه همایش های دانشگاه جیرفت

صفحه اصلی / سومین همایش بین المللی و چهارمین همایش ملی کشاورزی، محیط زیست و امنیت غذایی

متاآنالیز در گیاهان روغنی کلزا و ذرت و برای شناسایی ژن‌های فعال در بیوسنتز اسیدهای چرب و پاسخ به تنش خشکی

نویسندگان :

فاطمه محمودی خالدآبادی¹ علی مقدم² مرضیه مهری³

1- بخش بیوتکنولوژی دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز 2- بخش بیوتکنولوژی دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز 3- موسسه گیاه شناسی تجربی آکادمی علوم چک

کلمات کلیدی :

داده RNA-Seq،ذرت،کلزا،هستی شناسی ژن

چکیده :

هدف: هدف این پژوهش، شناسایی ژن‌های مشترک فعال در پاسخ به تنش خشکی و بیوسنتز اسیدهای چرب در گیاهان کلزا و ذرت، از طریق متاآنالیز داده‌های ترنسکریپتومی است. یافته‌ها می‌توانند به بهبود اصلاح ژنتیکی ارقام متحمل و با کیفیت کمک کنند .مواد و روش‌ها: در ابتدا، داده‌های RNA-Seq از۱۰ مطالعه برای گیاه کلزا و 6 مطالعه روی گیاه ذرت که تحت تنش خشکی بودند شناسایی شدند. در ادامه پردازش داده ها و نرمال‌سازی آن‌ها با استفاده از ابزار گلکسی انجام شد. سپس نرمال‌سازی نمونه‌ها و شناسایی ژن‌های افتراق بیان یافته با استفاده از متاآنالیز در زبان برنامه نویسی R انجام شد. جهت شناسایی ژن‌های افتراق بیان یافته مشترک بین کلزا و ذرت، از اورتولوگ‌های آن‌ها در Arabidopsis thaliana استفاده شد. در ادامه تحلیل هستی شناسی ژن‌های افتراق بیان یافته مشترک در بین این دوگیاه در پاسخ به تنش خشکی برای تعیین عملکردهای زیستی آن‌ها انجام شد .نتایج: در مجموع، ۱۵۶ ژن افتراق بیان‌یافته مشترک بین کلزا و ذرت شناسایی شد. تحلیل هستی‌شناسی این ژن‌ها نشان داد که این ژن‌ها در فرآیندهای بیولوژیکی شامل response to water deprivation ، very long-chain fatty acid biosynthetic procesو regulation of stomatal closure، دارای عملکردهای مولکولی مانند omega-3 fatty acid desaturase activity، acyl carrier activity ،calcium ion binding و oxidoreductase activity بوده و در مسیرهای متابولیکی نظیر polyunsaturated fatty acid biosynthesis، Lipid metabolismو phenylpropanoid biosynthesis نقش دارند. نتیجه‌گیری: ژن‌های مهم افتراق بیان‌یافته که به‌طور مشترک در کلزا و ذرت شناسایی شده و با پاسخ به تنش خشکی و بیوسنتز اسیدهای چرب مرتبط هستند، به‌عنوان اهداف بالقوه برای پژوهش‌های آینده معرفی می‌شوند.