سامانه همایش های دانشگاه جیرفت

صفحه اصلی / سومین همایش بین المللی و چهارمین همایش ملی کشاورزی، محیط زیست و امنیت غذایی

امکان تعیین ریز ماهواره‌های (میکروستلایت) عقرب آندراکتونوس کراسیکودا با استفاده از داده‌های ترانسکریپتومی

نویسندگان :

روشن کاکی¹ محمود نظری²

1- دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان 2- دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان

کلمات کلیدی :

آندراکتونوس کراسیکودا،ترانسکریپتوم،ریزماهواره،عقرب

چکیده :

در حاضر حال نشانگرهاي ريزماهواره به دليل پوشش مناسب ژنومي و تكرارپذيري بالا يكي از بهترين و كاملترين ابزارهاي مولكولي در بررسي تنوع ژنتيكي به شمار مي‏آيند. اين توالي‌ها عموما از چندشكلي بالايي برخوردار هستند و در نواحي كدكننده و غيركدكننده ژنوم موجودات مختلف حضور دارند. ریزماهواره‌ها یا توالی های ساده تکراری (SSRs)، تکرارهای پشت سر هم متشکل از یک تا شش جفت نوکلئوتید هستند که می‌توانند در هر نقطه از کل ژنوم یافت شوند. نشانگرهای توالی ساده تکراری برای عقرب آندراکتونوس کراسیکودا تاکنون گزارش نشده‌اند. لذا این مطالعه با هدف شناسایی نشانگرهای توالی ساده تکراری مربوط به عقرب اندراکتونوس کراسیکودا با استفاده از داده‌های RNA-Seq انجام شد. سرهم بندی رونوشت ها توسط برنامه Trinity، در مجموع 744804 ترانسکریپت و 563526 یونی ژن ایجاد کرد. در این مطالعه، بررسی 952725توالی به وسیله نرم افزار FullSSR ، منجر به شناسایی تعداد 315395 نشانگر SSR شد. در میان SSRها، تکرارهای دو و سه نوکلئوتیدی به ترتیب با 85/71 درصد و 36/22 درصد بیشترین تعداد تکرار را به خود اختصاص دادند. به طور کلی، نتایج این تحقیق نشان داد که با استفاده از داده هایRNA-Seq می توان ریزماهواره ‌های جدید را یافت که برای شناخت ساختار جمعیت و بررسی تنوع ژنتیکی عقرب اندراکتونوس کراسیکودا می تواند مفید باشند.