سامانه همایش های دانشگاه جیرفت

صفحه اصلی / سومین همایش بین المللی و چهارمین همایش ملی کشاورزی، محیط زیست و امنیت غذایی

واکاوی هم بیانی شبکه‌های ژنی درگیر در پاسخ به تنش خشکی در Brassica rapa

نویسندگان :

شهلا اتابکی¹ هومن راضی² علی مقدم³ مرضیه مُهری⁴

1- دانشگاه شیراز 2- دانشگاه شیراز 3- دانشگاه شیراز 4- موسسه گیاه شناسی تجربی آکادمی علوم چک

کلمات کلیدی :

تنش خشکی،هم بیانی شبکه های ژنی،شلغم علوفه‌ای

چکیده :

هدف: هدف این مطالعه شناسایی شبکه ژن های درگیر در پاسخ به خشکی در Brassica rapa با استفاده از آنالیز واکاوی هم بیانی شبکه های ژنی(WGCNA) است. ژن هایی با درجه بالایی از هم بیانی، احتمالاً در یک فرآیند زیستی دخیل و می توانند نشانگرهای زیستی قابل اعتمادی باشند. این مطالعه چشم‌انداز جدیدی را برای شناسایی صفات تعدیل ‌کننده تنش خشکی در Brassica rapa فراهم ‌می کند. مواد و روش‌ها: ابتدا داده های بیان ژن در پاسخ به تنش خشکی جمع آوری و مراحل پیش پردازش اولیه شامل کنترل کیفیت روی آن ها اعمال شد و میزان بیان به صورت TPM محاسبه شد. سپس خوشه بندی و ساخت شبکه های هم بیان ژن با استفاده از بسته WGCNA در نرم افزار R انجام شد. در نهایت ژن های هر ماژول و نقش آن ها در فرایند های پاسخ به خشکی بررسی شد. نتایج: 10 ماژول هر کدام شامل 30 ژن مرکزی به دست آمد. ماژول ها هر یک شامل ژن هایی با بیشترین همبستگی در ماژول شامل ژن های درگیر در مسیر های پاسخ به خشکی، هورمون هایی مانند آبسزیک اسید (ABA)، بسته شدن روزنه ها، اجزای فتوسنتز، تغیرات ترجمه و رونویسی و ژن های اجزای زیرواحد های ریبوزمی بودند. نتیجه‌گیری: این یافته ها شبکه های ژن های مهمی شامل ژن های مرکزی از جمله فاکتورهای رونویسی، آنزیم های آنتی آکسیدانی، ژن های مسیر های پیام رسانی هورمون ABA را شناسایی کرد. این ژن ها هدف های مناسبی به منظور ایجاد ژنوتیپ های متحمل به خشکی از طریق مهندسی ژنتیک می باشند.